Глаукофітові водорості представлені одноклітинними і колоніальними формами з монадним, кокоїдним і пальмелоїдним типами організації[4]. Для всіх глаукофітових характерні еліпсоїдальна форма клітини і мікроскопічні розміри. При цьому у водоростей з пальмелоїдною будовою талому клітини мають майже сферичну форму діаметром 10-15 мкм у Gloeochaete і 24-36 мкм у Cyanoptyche[5][6].
Види роду Cyanophora характеризуються монадною будовою талому і досить чітко поділяються на дві групи. В одну входять види з овоїдною або еліпсоїдною формами клітини: C. paradoxa (приблизно 15 мкм в довжину і 9 мкм в поперечнику[7], C. cuspidata, C. kugrensii; в іншу — види з клітинами бобовидної форми, сплощені в дорсовентральному напрямку.
Запасний продукт в клітинах глаукофітових водоростей — крохмаль, відкладається у вигляді гранул в цитозолі[8]. В цьому відношенні глаукофіти схожі з червоними водоростями і відрізняються від Viridiplantae, які накопичують запасні речовини в пластидах. Однак червоні водорості запасають не звичайний крохмаль, як глаукофіти і Viridiplantae, а особливі амілопектин-подібні з'єднання[9].
Розмноження у глаукофітових — вегетативне і безстатеве (у Glaucocystis — за допомогою автоспор[en], у Gloeochaete і Cyanoptyche — за допомогою зооспор; Cyanophora зазвичай розмножується поздовжнім поділом навпіл, але може також утворювати зооспори). Статеве розмноження не описано. Мітоз відкритий, цитокінез поздовжній[10][11].
Глаукофітові водорості мешкають виключно в прісних водах, в тому числі на болотах. Великі популяції глаукофітів зустрічаються рідко[12]. Серед них є й планктонні форми, і прикріплені колонії. У пробах глаукофіти виділяються від інших водоростей зі схожою морфологією за наявністю пластид яскравого синьо-зеленого кольору. Від синьо-зелених водоростей їх відрізняє наявність незабарвленої цитоплазми[13].
