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分子系統から、nine-primaried oscines 内でいくつかの属が移動させられた。Weir et al. (2009)^[2]による移動は次のとおり（スミレフウキンチョウ属 Euphonia・ミドリフウキンチョウ属 Chlorophonia、キガタイカル属 Parkerthraustes^[1]、ジフウキンチョウ属 Calyptophilus^[3]を追加）。国際鳥類学会議 (IOC)^[4]・アメリカ鳥学会 (AOU)^[5]・AOU南アメリカ分類委員会 (SACC)^[6]の対応を示す（×: 伝統的な科に留める; ○: 系統的な科に移す; Emb: ホオジロ科; Coe; マミジロミツドリ科; ?: 未定 incertae sedis; -: 地域にいないなどの理由で扱っていない）。

フウキンチョウ科へ属学名伝統的な科 IOC AOU SACC キガタイカル属 Parkerthraustes ショウジョウコウカンチョウ科 × - ○ コウカンチョウ属 Paroaria ○ Emb ○ マミジロミツドリ属 Coereba アメリカムシクイ科 Coe ? ○ クビワスズメ属 Tiaris ホオジロ科 ○ × ○ クロアカウソ属 Loxigilla ○ × - ノドアカミツドリ属 Euneornis ○ × - キューバクロウソ属 Melopyrrha ○ × - キゴロモコメワリ属 Loxipasser ○ × - セントルシアクロシトド属 Melanospiza ○ × - ムシクイフィンチ属 Certhidea ○ - ○ ガラパゴスフィンチ属 Geospiza ○ - ○ ダーウィンフィンチ属 Camarhynchus ○ - ○ ココスフィンチ属 Pinaroloxias ○ × - マミジロイカル属 Saltator ショウジョウコウカンチョウ科 × ? ○ ヒメウソ属 Sporophila ホオジロ科 ○ × ○ コメワリ属 Oryzoborus ○ × ○ シコンヒワ属 Volatinia ○ × ○ キンノジコ属 Sicalis ○ × ○ ハシナガシトド属 Acanthidops ○ × - ウスズミシトド属 Haplospiza ○ × ○ タネワリ属 Catamenia ○ - ○ ベニイタダキ属 Coryphospingus ○ - ○ クサビオノジコ属 Emberizoides ○ × ○ パルドスコ属 Nephelornis アメリカムシクイ科 ○ - ○ マルハシミツドリ属 Conirostrum ○ ○ ○ ツバメフウキンチョウ属 Tersina ツバメフウキンチョウ科 ○ ○ ○ マユシトド属 Poospiza ホオジロ科 ○ - ○

ホオジロ科から、フィンチ類、シトド類の一部など、約20属がフウキンチョウ科に移された。これらはフウキンチョウ科の系統の中でまとまっておらず、あちこちに分散している。ホオジロ科には未サンプリングの属もあるので、このリストは増える可能性がある。

コウカンチョウ属 Paroaria はショウジョウコウカンチョウ科（旧称コウカンチョウ科）から、Tordoff (1954) によりホオジロ科に移されており^[7]、そのあとフウキンチョウ科に移された。AOUではホオジロ科にとどまっている。

ショウジョウコウカンチョウ科だったマミジロイカル属 Saltator は多系統だが、大部分はフウキンチョウ科に含まれる。ノドグロイカル Saltator atricollis は別系統でオナガシトド Saltatricula（伝統的にはホオジロ科だがDNAハイブリダイゼーションではフウキンチョウ科とされた^[2]）と姉妹群であり、ノドグロイカル+オナガシトドからなる単系統はショウジョウコウカンチョウ科のおそらく基底に位置する。ただしこの群も他のマミジロイカル属と近縁でフウキンチョウ科とする説もある^[1]。またアカハライカル Saltator rufiventris はフウキンチョウ科内だが他の種とは異なる位置にある^[1]。Weier et al. (2009)^[2]は暫定的にマミジロイカル属全体をフウキンチョウ科とした。IOUは科を変更せず、AOUは独立した科を形成する可能性があるとし科未定 incertae sedis にしている^[8]。

伝統的にアメリカムシクイ科だったマミジロミツドリ属 Coereba は、フウキンチョウ科内に位置する^[2]。ただしIOUは単型のマミジロミツドリ科 Coerebidae、AOUは科未定 incertae sedis としている。

ツバメフウキンチョウ Tersina のみからなる単型のツバメフウキンチョウ科 Tersinidae はフウキンチョウ科に統合された。

詳細は移動先の科を参照。

スミレフウキンチョウ属 Euphonia・ミドリフウキンチョウ属 Chlorophonia はアトリ科にスミレフウキンチョウ亜科 Euphoniinae として分離された^[9]。

プエルトリコフウキンチョウ Nesospingus・シトドフウキンチョウ属 Spindalis・ズグロヤシフウキンチョウ属 Phaenicophilus は、フウキンチョウ族には含まれないが、アメリカムシクイ科に含まれるかどうかはやや不確実であり、伝統的なアメリカムシクイ科の近くに分布しており、これらをアメリカムシクイ科に含めない説もある^[1]。

アカハシフウキンチョウ属 Lamprospiza は、低い確度でだがいずれの科にも属さない系統位置にある。ショウジョウコウカンチョウ科に移されたヨゴレフウキンチョウ属 Mitrospingus が、これと姉妹群だとする説もある^[1]。

分類史[編集]

伝統的には、フウキンチョウ科、あるいは、他の科と統合しその中のフウキンチョウ亜科 Thraupinae とされてきた。フウキンチョウ亜科が属する科には、フウキンチョウ科^[10]、アトリ科^[10]、ホオジロ科^[11]などがあった。Sibley & Ahlquist (1970) や Sibley et al. (1988) では、アトリ科ホオジロ亜科フウキンチョウ族 Thraupini となった。

ミツドリ類は伝統的にはフウキンチョウ類には含まれず、フウキンチョウ科とは別のミツドリ科（あるいはフウキンチョウ亜科とは別のミツドリ亜科）とされてきた。しかし Tordoff & Arbor (1954)^[10]や Paynter (1968, 1970) ではミツドリ類の大半がフウキンチョウ亜科（フウキンチョウ科に当たる）に移され、Sibley and Monroe (1990) ではさらに多くがフウキンチョウ族（フウキンチョウ科に当たる）に移された。