Выхухоль — редкий эндемичный вид, занесённый в Красную книгу России с категорией 2: сокращающийся в численности редкий реликтовый вид. К такому плачевному положению выхухоли в России привели такие факторы как: вырубка пойменных лесов, загрязнение водоёмов, где обитают животные, осушение пойменных угодий, что ухудшает условия для добычи корма и защиты, строительство плотин и дамб, а также застройка на берегах водоёмов, создание водохранилищ, выпас скота вблизи водоёмов.
Ареал выхухоли невелик, поскольку благоприятных для неё водоёмов мало. К естественным факторам, отрицательно влияющим на её численность, относятся длительные зимние паводки и высокое половодье. При зимних подъёмах воды норы выхухолей затапливаются, и они тонут. Засушливым летом пойменные водоёмы мелеют и пересыхают, и выхухолям приходится искать новое место жительства. На земле выхухоли из-за слабого зрения и медлительности практически беззащитны, хотя хищники редко едят их из-за сильного мускусного запаха. На них иногда нападают горностаи, хорьки, выдры, лисицы, бродячие собаки и кошки; из птиц — болотный лунь, чёрный коршун, скопа, беркут, большой подорлик, филин, серая неясыть, даже серая ворона и сорока. Под водой на них охотятся щуки и крупные сомы. Вредят выхухолям также кабаны, разрывающие землю, и даже пасущийся скот. Но наибольшее давление на них оказывают интродуцированные виды — американская норка и ондатра; последняя активно вытесняет выхухоль, занимая её норы.
Однако основное сокращение ареала и численности выхухоли происходит из-за антропогенных факторов: сетного рыболовства, хозяйственного преобразования пойм (осушение, забор воды для орошения, вырубка лесов), выпаса скота, загрязнения водоёмов.
В прошлом выхухоль являлась ценным промысловым видом. До третьей четверти XVII века её добывали исключительно из-за мускусного запаха. На Руси высушенными выхухолевыми хвостами перекладывали бельё; позднее секрет её мускусных желез стал применяться в парфюмерии как закрепитель запаха духов. Только позднее выхухолей стали добывать ради меха, причём он ценился выше бобрового.
Запрет на добычу выхухоли был объявлен советским правительством в 1920 году и действовал более 20 лет. За это время численность выхухолей заметно увеличилась, и добыча вновь была разрешена. Однако в 1957 году её снова запретили, за исключением отлова зверьков для расселения.
В России неоднократно предпринимались меры по охране и восстановлению популяции выхухолей. С 1929 по 1999 год было расселено более 10 000 особей, в том числе в Новосибирской (р. Тартас) и Томской (р. Таган) областях, где раньше выхухоль не водилось. Были созданы 4 заповедника и 80 заказников федерального и местного значения, где сосредоточено более 30 % от общего числа животных. С осени 2000 г. Центр охраны дикой природы при финансовой поддержке Фонда национальных парков осуществляет проект «Сохраним русскую выхухоль», направленный на оценку современного состояния популяции выхухоли и разработку мер её сохранения.
Учёт численности выхухоли на больших территориях весьма сложен, а в последние[какие?] годы практически прекращён, поэтому судить о её численности сложно.
К 1970 году в СССР обитало более 70 000 выхухолей: из них 69 000 особей приходилось на РСФСР, 1500 особей — на Казахстан; на Украине и в Белоруссии они исчислялись единицами. В начале 1990-х годов численность на территории России упала до 40 000 особей, и ещё 2000 особей проживало в Казахстане. Сейчас численность вида в России, по экспертной оценке, составляет около 35 000 особей, сосредоточенных в основном в бассейнах Волги (20 000 зверьков) и Дона (10 000 зверьков). Около 2000 выхухолей обитает в бассейне Днепра. В бассейне Урала они немногочисленны. В бассейне Оби зверёк появился благодаря искусственному расселению и в настоящее время наиболее многочислен в Курганской области (2000 особей) и весьма редок в Томской и Новосибирской областях, где его численность упала из-за высоких паводков и слабой охраны.
Учёт численности выхухоли на больших территориях весьма сложен, а в последние[какие?] годы практически прекращён, поэтому судить о её численности сложно.
К 1970 году в СССР обитало более 70 000 выхухолей: из них 69 000 особей приходилось на РСФСР, 1500 особей — на Казахстан; на Украине и в Белоруссии они исчислялись единицами. В начале 1990-х годов численность на территории России упала до 40 000 особей, и ещё 2000 особей проживало в Казахстане. Сейчас численность вида в России, по экспертной оценке, составляет около 35 000 особей, сосредоточенных в основном в бассейнах Волги (20 000 зверьков) и Дона (10 000 зверьков). Около 2000 выхухолей обитает в бассейне Днепра. В бассейне Урала они немногочисленны. В бассейне Оби зверёк появился благодаря искусственному расселению и в настоящее время наиболее многочислен в Курганской области (2000 особей) и весьма редок в Томской и Новосибирской областях, где его численность упала из-за высоких паводков и слабой охраны.
