По данным Germplasm Resources Information Network является синонимом Salvia sylvestris L.
Этот вид постоянно смешивался или даже соединялся с Salvia silvestris L. Первым ботаником, хорошо в них разобравшимся был Кернер, изучавший оба вида с классического местонахождения — из Венгрии. Изучение гербарного материала показало, что на территории бывшего СССР встречается только Salvia nemorosa L. в зап. части Европейской территории, где он неоднороден.
Существует две формы отличающиеся характером опушения стебля и чашечек. Географическая дифференциация этих форм пока не ясна.
В южной части ареала шалфей дубравный гибридизирует с Salvia tesquicola Klok. et Pobed.[8]
Вид Шалфей дубравный входит в род Шалфей (Salvia) подсемейства Котовниковые (Nepetoideae) семейства Яснотковые (Lamiaceae) порядка Ясноткоцветные (Lamiales).