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Description of Clostridiaceae

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Gram positive bacteria (firmicutes) that like Bacillus and allies have a low G+C content. Taxonomy within the group not yet stable.
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Clostridiàcies ( Catalan; Valencian )

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Clostridiàcia (Clostridiaceae) és la família de clostridia, i conté el gènere Clostridium

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Clostridiaceae ( German )

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Clostridiaceae sind eine Familie von Bakterien. Der Name ist abgeleitet von dem griechischen Word closter, was so viel wie „kleine Spindel“ bedeutet und sich auf die Zellform dieser Bakterien bezieht. In der Gattung Clostridium sind einige wichtige krankheitserregende Arten vorhanden.

Merkmale

Die Zellen sind stäbchenförmig oder auch kokkoid, wie z. B. Zellen von Sarcina. Die meisten Arten sind obligat anaerob, d. h., sie tolerieren keinen Sauerstoff in ihrer Umgebung. Der Stoffwechsel ist meist die Fermentation. Die Arten sind in der Regel in der Lage Endosporen zu bilden, um schlechte Umweltbedingungen zu überdauern. Obwohl die Familie zu den grampositiven Bakterien zählt, fällt der Gram-Test bei einigen Arten, vor allem bei thermophilen (hitzeliebenden), negativ aus. Ein Beispiel hierzu ist die Art Caloramator indicus, die optimale Wachstumstemperatur liegt bei dieser Art zwischen 60 und 65 °C. Es sind durch Flagellen bewegliche Arten, wie auch unbewegliche (z. B. Sarcina) vorhanden. Bewegliche Arten von Clostridium, Caminicella, Natronincola und Anoxynatronum sind peritrisch (allseits) begeißelt, Thermohalobacter und Tindallia sind seitlich begeißelt.

Ökologie

Die Ökologie dieser Gruppe ist sehr vielfältig. Es sind thermophile (hitzeliebende) Arten vorhanden, wie z. B. Caloramator. Einige Arten sind auch psychrophil, also kälteliebend. Beispiele sind Clostridium gasigenes und Clostridium psychrophilum. Die Fähigkeit Endosporen zu bilden und somit schlechte Lebensbedingungen zu überstehen macht sie wohl allgegenwärtig. Zu den Habitaten zählen u. a. Abwasser, Süßwasser, marine Sedimente, Salzseen, Kot, sowie der Lebensraum im und am Körper von Tieren, einschließlich des Menschen.

Einige Arten sind wichtige Krankheitserreger, wie z. B. Clostridium tetani, Erreger des gefährlichen Wundstarrkrampfs. Clostridium acetobutylicum ist von biotechnischer Bedeutung zur Herstellung von Lösungsmitteln.

Systematik

Die Systematik der Clostridiaceae unterlag durch die nun häufig eingesetzte phylogenetische Analyse des 16S rRNS Gens in den letzten Jahren erheblichen Veränderungen. Einige früher in der Gattung Clostridia geführten Arten wurden anderen Gattungen zugeteilt, die teilweise in anderen Familien oder gar Ordnungen geführt werden. So wurde z. B. die Art Clostridium thermosaccharolyticum zu der Gattung Thermaoanaerobacterium und Clostridium thermoaceticum zu der Gattung Moorella gestellt. Beide Gattungen gehören zu der Familie Thermoanaerobacteraceae der Ordnung Thermoanaerobacterales.

Eine Auswahl von Gattungen, die zu der Familie gestellt werden:[1]

Die meisten Gattungen enthalten jeweils nur eine Art (z. B. Brassicibacter mesophilus oder Caminicella sporogenes).[1]

Einzelnachweise

  1. a b Jean Euzéby, Aidan C. Parte: Family Clostridiaceae. In: List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. Abgerufen am 5. August 2019.
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Clostridiaceae: Brief Summary ( German )

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Clostridiaceae sind eine Familie von Bakterien. Der Name ist abgeleitet von dem griechischen Word closter, was so viel wie „kleine Spindel“ bedeutet und sich auf die Zellform dieser Bakterien bezieht. In der Gattung Clostridium sind einige wichtige krankheitserregende Arten vorhanden.

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Clostridiaceae

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The Clostridiaceae are a family of the bacterial class Clostridia, and contain the genus Clostridium.

The family Clostridiaceae (scientific name) defined by the taxonomic outline of Bergey's Manual of Systematic Bacteriology contains as its core the genus Clostridium (sensu stricto), as well as Acetivibrio, Acidaminobacter, Alkaliphilus, Anaerobacter, Caloramator, Caloranaerobacter, Coprobacillus, Dorea, Natronincola, Oxobacter, Sarcina, Sporobacter, Thermobrachium, Thermohalobacter, and Tindallia. The previous inclusion of these additional genera (as seen on the right) in a family Clostridiaceae is based for the most part because the type species of these genera are in many cases phylogenetically related to misclassified species of the genus Clostridium. However, with the exception of Anaerobacter, Caloramator, Oxobacter, Sarcina, and Thermobrachium, these genera fall outside the radiation of what can be considered the true family Clostridiaceae and are now regarded as belonging to other families within the low G + C, Gram-positive phylum.

This misclassification is the result of well-known problems of the current taxonomic structure of the traditional genus Clostridium. The phylogenetic analysis of Collins (1994) was the first large-scale comparison of 16S rRNA gene sequences of species of the genus Clostridium and related taxa. The fact that the species of the genus Clostridium did not form a monophyletic group has been shown in a number of studies in which small groups of Clostridium species had been compared as far back as 1981. The comparative study of Collins (1994) and subsequent studies can be used to conclude that more than half of the species currently assigned to this genus are in fact not closely related to the type species, C. butyricum, and from a phylogenetic standpoint should not be included in a newly defined genus Clostridium.[2]

This extensive genetic diversity of the genus Clostridium had been shown using 23S rRNA:DNA hybridization studies back in 1975 by Johnson and Francis, but the 16S rRNA gene sequence approach revealed the actual phylogenetic relationships between the species of this genus and other genera.

The genus Clostridium currently comprises 152 validly described species in nomenclature.[3] However, on the basis of 16S rRNA gene sequence analyses, only 73 of these fall within the radiation of the type species of the genus Clostridium.

Subdivisions

The polyphyletic family Clostridiaceae comprises the following:

See also

References

  1. ^ Pribram, Ernst August: Klassification der Schizomyceten. F. Deuticke, Leipzig, (1933) pp. 1-143
  2. ^ Collins, MD; Lawson, PA; Willems, A; Cordoba, JJ; Fernandez-Garayzabal, J; Garcia, P; Cai, J; Hippe, H; Farrow, JA (October 1994). "The phylogeny of the genus Clostridium: proposal of five new genera and eleven new species combinations". International Journal of Systematic Bacteriology. 44 (4): 812–26. doi:10.1099/00207713-44-4-812. PMID 7981107.
  3. ^ www.bacterio.net
  4. ^ J.P. Euzéby. "Clostridiaceae". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Retrieved 2 March 2022.
  5. ^ Sayers; et al. "Clostridiaceae". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Retrieved 2 March 2022.
  6. ^ "The LTP". Retrieved 20 June 2022.
  7. ^ "LTP_all tree in newick format". Retrieved 20 June 2022.
  8. ^ "LTP_01_2022 Release Notes" (PDF). Retrieved 20 June 2022.
  9. ^ "GTDB release 07-RS207". Genome Taxonomy Database. Retrieved 20 June 2022.
  10. ^ "bac120_r207.sp_labels". Genome Taxonomy Database. Retrieved 20 June 2022.
  11. ^ "Taxon History". Genome Taxonomy Database. Retrieved 20 June 2022.
  12. ^ Lakhal, R; Pradel, N; Postec, A; Ollivier, B; Cayol, JL; Godfroy, A; Fardeau, ML; Galés, G (September 2015). "Crassaminicella profunda gen. nov., sp. nov., an anaerobic marine bacterium isolated from deep-sea sediments" (PDF). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 65 (9): 3097–102. doi:10.1099/ijsem.0.000386. PMID 26296351.
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Clostridiaceae: Brief Summary

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The Clostridiaceae are a family of the bacterial class Clostridia, and contain the genus Clostridium.

The family Clostridiaceae (scientific name) defined by the taxonomic outline of Bergey's Manual of Systematic Bacteriology contains as its core the genus Clostridium (sensu stricto), as well as Acetivibrio, Acidaminobacter, Alkaliphilus, Anaerobacter, Caloramator, Caloranaerobacter, Coprobacillus, Dorea, Natronincola, Oxobacter, Sarcina, Sporobacter, Thermobrachium, Thermohalobacter, and Tindallia. The previous inclusion of these additional genera (as seen on the right) in a family Clostridiaceae is based for the most part because the type species of these genera are in many cases phylogenetically related to misclassified species of the genus Clostridium. However, with the exception of Anaerobacter, Caloramator, Oxobacter, Sarcina, and Thermobrachium, these genera fall outside the radiation of what can be considered the true family Clostridiaceae and are now regarded as belonging to other families within the low G + C, Gram-positive phylum.

This misclassification is the result of well-known problems of the current taxonomic structure of the traditional genus Clostridium. The phylogenetic analysis of Collins (1994) was the first large-scale comparison of 16S rRNA gene sequences of species of the genus Clostridium and related taxa. The fact that the species of the genus Clostridium did not form a monophyletic group has been shown in a number of studies in which small groups of Clostridium species had been compared as far back as 1981. The comparative study of Collins (1994) and subsequent studies can be used to conclude that more than half of the species currently assigned to this genus are in fact not closely related to the type species, C. butyricum, and from a phylogenetic standpoint should not be included in a newly defined genus Clostridium.

This extensive genetic diversity of the genus Clostridium had been shown using 23S rRNA:DNA hybridization studies back in 1975 by Johnson and Francis, but the 16S rRNA gene sequence approach revealed the actual phylogenetic relationships between the species of this genus and other genera.

The genus Clostridium currently comprises 152 validly described species in nomenclature. However, on the basis of 16S rRNA gene sequence analyses, only 73 of these fall within the radiation of the type species of the genus Clostridium.

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Clostridiaceae ( Spanish; Castilian )

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Clostridiaceae es una familia de bacterias del grupo Clostridia que contiene al conocido género Clostridium. Son bacilos Gram positivos anaerobios quimiótrofos y formadores de endosporas.

Los estudios filogenéticos de ARNr 16S y 23S hechos desde 1975 revelan que grupos como Clostridium, Clostridiaceae, Clostridiales y Clostridia son polifiléticos.

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Clostridiaceae ( French )

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Les Clostridiaceae sont une famille de bactéries de la classe des Clostridia, parmi lesquels on trouve le genre type Clostridium. Cette famille a été créée par Ernst August Pribram (1879-1940) en 1933.

Liste des genres

Selon la List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)[1] :

Selon GBIF (8 juillet 2021)[2] :

Notes et références

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Clostridiaceae: Brief Summary ( French )

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Les Clostridiaceae sont une famille de bactéries de la classe des Clostridia, parmi lesquels on trouve le genre type Clostridium. Cette famille a été créée par Ernst August Pribram (1879-1940) en 1933.

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Clostridiaceae ( Italian )

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Clostridiaceae ( Swedish )

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Clostridiaceae är en familj av Clostridia och innehåller släktet Clostridium.

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Clostridiaceae: Brief Summary ( Swedish )

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Clostridiaceae är en familj av Clostridia och innehåller släktet Clostridium.

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Clostridiaceae ( Ukrainian )

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Назва

Родина названа від типового роду Clostridium, який у свою чергу походить від грецького слова «Closter», що означає маленьке веретено та вказує на форму бактерій.

Екологія

Екологія цієї групи дуже різноманітна. Є термофільні (теплолюбні) види. Деякі види є також психрофільні, тобто холодолюбиві (наприклад Clostridium gasigenes і Clostridium psychrophilum). Здатність утворювати ендоспори дпомагає вижити у поганих умовах життя. Ця здатність робить родину широко поширеною у світі. Серед місць проживання, зокрема, відносяться стічні води, прісноводні, морські відкладення, солоні озера, фекалії, і у тілах тварин, включаючи людину.

Деякі види є важливими патогенами. Наприклад Clostridium tetani є збудником небезпечної хвороби правець. Clostridium acetobutylicum представляє біотехнологічне значення для виробництва розчинників.

Роди

Acetanaerobacterium
Acetivibrio
Acidaminobacter
Alkaliphilus
Anaerobacter
Anaerostipes
Anaerotruncus
Anoxynatronum
Bryantella
Butyricicoccus
Caldanaerocella
Caloramator
Caloranaerobacter
Caminicella
Candidatus Arthromitus
Clostridium
Coprobacillus
Dorea
Ethanologenbacterium
Faecalibacterium
Garciella
Guggenheimella
Hespellia
Linmingia
Natronincola
Oxobacter
Parasporobacterium
Sarcina
Soehngenia
Sporobacter
Subdoligranulum
Tepidibacter
Tepidimicrobium
Thermobrachium
Thermohalobacter
Tindallia

Посилання


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クロストリジウム科 ( Japanese )

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Clostridium difficile
分類 ドメ
イン
: 真正細菌
Bacteria : フィルミクテス門
Firmicutes : クロストリジウム綱
Clostridia : クロストリジウム目
Clostridiales : クロストリジウム科
Clostridiaceae 学名 Clostridiaceae
Pribram, 1933

Acetanaerobacterium
Acetivibrio
Acidaminobacter
Alkaliphilus
Anaerobacter
Anaerostipes
Anaerotruncus
Anoxynatronum
Bryantella
Butyricicoccus
Caldanaerocella
Caloramator
Caloranaerobacter
Caminicella
Candidatus Arthromitus
Clostridiumクロストリジウム属
Cellulosibacter[1][2]
Coprobacillus
Dorea
Ethanologenbacterium
Faecalibacterium
Garciella
Guggenheimella
Hespellia
Linmingia
Natronincola
Oxobacter
Parasporobacterium
Sarcina
Soehngenia
Sporobacter
Subdoligranulum
Tepidibacter
Tepidimicrobium
Thermobrachium
Thermohalobacter
Tindallia

クロストリジウム科Clostridiaceae)は、クロストリジウム目の科であり、クロストリジウム属を含む。 Bergey's Manual of Systematic Bacteriologyの分類学的概要で定義されているクロストリジウム科は、主な属であるクロストリジウム属Clostridium)に加え、 AcetivibrioAcidaminobacterAlkaliphilusAnaerobacterCaloramatorCaloranaerobacterCoprobacillusDoreaNatronincolaOxobacterSarcinaSporobacterThermobrachiumThermohalobacter及びTindalliaの属を含んでいる。

クロストリジウム科に追加された属の以前の分類は、多くの場合、これらの属のタイプ種が系統学的にクロストリジウム属に誤分類されていたためであることに基づいている。 この誤分類は、伝統的なクロストリジウム属の分類学的構造のよく知られた問題の結果である。Collins(1994)の系統発生分析は、クロストリジウム属及び関連する分類群の種の16S rRNA系統解析の最初の大規模比較であった。 クロストリジウム属の種が単一系統を形成しなかったという事実は、 クロストリジウム種の小グループを1981年以来と比較した多くの研究で示されている。Collins(1994)とその後の研究この属に現在割り当てられている種の半分以上が、実際にタイプ種であるクロストリジウム・ブチリカムと密接に関連しておらず、系統学的な観点からは新たに定義されたクロストリジウム属に含まれてはならないと結論することができる。 クロストリジウム属の広範な遺伝的多様性は、JohnsonとFrancisによって1975年に23S rRNA:DNAハイブリダイゼーション研究を用いて示されたが、16S rRNA系統解析アプローチは、この属と他の属との間の実際の系統学的関係を明らかにした。 クロストリジウム属は現在、命名法で152種の有効に記載された種を含む[3]。 しかしながら、16S rRNA系統解析に基づいて、これらのうちの73種のみがクロストリジウム属のタイプ種の系統に含まれる 。

脚注[編集]

  1. ^ LPSN bacterio.net
  2. ^ eol
  3. ^ www.bacterio.net
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クロストリジウム科: Brief Summary ( Japanese )

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クロストリジウム科(Clostridiaceae)は、クロストリジウム目の科であり、クロストリジウム属を含む。 Bergey's Manual of Systematic Bacteriologyの分類学的概要で定義されているクロストリジウム科は、主な属であるクロストリジウム属Clostridium)に加え、 AcetivibrioAcidaminobacterAlkaliphilusAnaerobacterCaloramatorCaloranaerobacterCoprobacillusDoreaNatronincolaOxobacterSarcinaSporobacterThermobrachiumThermohalobacter及びTindalliaの属を含んでいる。

クロストリジウム科に追加された属の以前の分類は、多くの場合、これらの属のタイプ種が系統学的にクロストリジウム属に誤分類されていたためであることに基づいている。 この誤分類は、伝統的なクロストリジウム属の分類学的構造のよく知られた問題の結果である。Collins(1994)の系統発生分析は、クロストリジウム属及び関連する分類群の種の16S rRNA系統解析の最初の大規模比較であった。 クロストリジウム属の種が単一系統を形成しなかったという事実は、 クロストリジウム種の小グループを1981年以来と比較した多くの研究で示されている。Collins(1994)とその後の研究この属に現在割り当てられている種の半分以上が、実際にタイプ種であるクロストリジウム・ブチリカムと密接に関連しておらず、系統学的な観点からは新たに定義されたクロストリジウム属に含まれてはならないと結論することができる。 クロストリジウム属の広範な遺伝的多様性は、JohnsonとFrancisによって1975年に23S rRNA:DNAハイブリダイゼーション研究を用いて示されたが、16S rRNA系統解析アプローチは、この属と他の属との間の実際の系統学的関係を明らかにした。 クロストリジウム属は現在、命名法で152種の有効に記載された種を含む。 しかしながら、16S rRNA系統解析に基づいて、これらのうちの73種のみがクロストリジウム属のタイプ種の系統に含まれる 。

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