铆钉菇科（學名：Gomphidiaceae）是担子菌门牛肝菌目的一個科，其下有四個屬[註 1]。有別於典型牛肝菌，本科類群中除了單型屬囊铆钉菇属（英语：Cystogomphus）為腹菌外，均為傘菌（英语：Agaric），產孢的子實層位於蕈褶上，而非子實體上的孔狀構造。釘菇屬（英语：Gomphus (fungus)）的學名與俗名均與本科相似，但與本科並無關聯。
铆钉菇科過去與其他傘菌一起被歸入傘菌目中，但孢子形狀等許多顯微特徵都顯示其與牛肝菌目有關，分子種系發生學的研究結果證實了此項理論，發現铆钉菇科應歸屬牛肝菌目，而本科的蕈褶是趨同演化的結果，與傘菌目類群的蕈褶無關。分子證據顯示在牛肝菌目中，本科與乳牛肝菌科、須腹菌科與Truncocolumellacae等類群的親緣關係較為接近[3]，與化學分類學（英语：Chemotaxonomy）的研究結果吻合[4]。有研究將本科與這三科共同歸屬於乳牛肝菌亞目（Suillineae）[3]。
铆钉菇科的物種傳統上被認為會與樹木形成互利共生的外菌根（英语：Ectomycorrhiza），但有研究發現本科蕈類的子實體經常與其他種蕈類一起出現，本身很少形成複雜的菌絲體，在植物根部皮層細胞中形成吸器，無法獨立於其他物種進行分離培養等特徵，顯示本科蕈類的營養方式，可能是寄生於外菌根上的其他真菌或植物[5]。
