接合菌门（学名：Zygomycota）是一类真菌。 其孢子分為有性及無性兩種，有性生殖為接合孢子，無性生殖為孢囊孢子；此門菌物的菌絲屬於「無隔多核」。
傳統上依據形態將真菌分為接合菌門（Zygomycetes）、子囊菌門(Ascomycetes)、及担子菌門(Basidiomycetes)，然而許多傳統上因為形態簡單被視為接合菌的真菌因為分子證據而被移入子囊菌（如青黴菌、黑黴菌）；分子證據也顯示接合菌是一個旁系群。因為過去的研究較少，加上系統發生學不斷引入各種新的分子技術和統計學模型，真菌的分類目前時常發生大幅變動，目前較新的分類方式是將接合菌分成下列四支：
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