Из всех мохноногих хомячков джунгарские могут образовывать жизнеспособные гибриды только с хомячками Кэмпбелла.
В естественной среде обитания джунгарские хомяки размножаются с марта по сентябрь, в неволе они размножаются круглый год. В помёте может быть от 1 до 11 детенышей. Половая зрелость наступает с 4—6 недель, однако есть мнения, что столь ранняя беременность может быть опасна для самки. Срок беременности 21—26 дней. Самка готова к оплодотворению уже через 24 часа после родов.
Из всех мохноногих хомячков джунгарские могут образовывать жизнеспособные гибриды только с хомячками Кэмпбелла.