Encephalitozoon intestinalis estas parazito el familio Unikarjonedoj, el genro Encephalitozoon. Ĝi povas kaŭzi mikrosporidiozon.
Ĝi estas grava pro tio, ke ĝi havas la plej malgrandan genomon inter la esploritaj organismoj (2010), enhavante nur 2,25 milionojn da bazaj paroj. La genomo estis komplete sekvenciita en 2010.
