フナムシ科 (船虫科、Ligiidae) は、ワラジムシ亜目に属する1科。
8属が属する。フナムシ属 Ligiaとヒメフナムシ属 Ligidiumにそれぞれ数十種が属し、他の属は1-2種である。
代表種はフナムシで、世界中の温水域の海岸地帯に分布する。他の種は、地域的に限られた分布をする。
ワラジムシ亜目の他の科(ワラジムシやダンゴムシ)と区別する特徴は、針のように細長い尾。尾の毛細管現象を利用し、鰓に水を供給する。
フナムシ属は浸透圧が4.1%と高いので、海水に適応しており、海岸に住む。一方、ヒメフナムシ属は、浸透圧が1.5%と低く、ワラジムシ亜目の他の科同様、森林に住む。ただし、フナムシ属でもオガサワラフナムシなど、森林に住む種もある(浸透圧は高いので、二次的に森林に進出したと思われる)。