Тривалий час їх місце в системах рослинного царства було невизначеним. Одні дослідники, враховуючи наявність хлорофілів a і b, а також крохмалу як запасної речовини, відносили харофіти до відділу Chlorophyta. Інші — виділяли в самостійний відділ Charophyta, визнаючи його раннє відділення від зелених водоростей. Наступні ж — розглядали їх як проміжну ланку між зеленими водоростями і мохоподібними.
Тривалий час їх місце в системах рослинного царства було невизначеним. Одні дослідники, враховуючи наявність хлорофілів a і b, а також крохмалу як запасної речовини, відносили харофіти до відділу Chlorophyta. Інші — виділяли в самостійний відділ Charophyta, визнаючи його раннє відділення від зелених водоростей. Наступні ж — розглядали їх як проміжну ланку між зеленими водоростями і мохоподібними.