El caparazón es triquillado y cada quilla tiene un tubérculo en el margen posterior de cada escudo por el que atraviesa. Tiene color castaño oscuro en la superficie dorsal.
El caparazón posee a cada lado doce placas marginales; las últimas se denominan supracaudales; todas son igualmente anchas que largas en los individuos jóvenes, pero notablemente más largas que anchas en los subadultos y adultos. Esto se da en las marginales que van de la 1 a la 10, ya que la 11 y las supracaudales son generalmente más anchas que largas.
El plastrón es pequeño, en forma de cruz y deja al descubierto cuello, cola y extremidades. Es de color amarillo uniforme. Carece de placa intergular. Tanto las gulares como las demás placas son pares; están divididas por la sutura medioventral, con excepción de las abdominales, que están separadas de la sutura y forman la parte lateral de la "cruz". Así las pectorales y femorales están en contacto. El plastrón está completamente osificado, tanto en jóvenes como en adultos, lo que puede observarse a lo largo de la sutura medioventral. Su fórmula plastral es: an >< hum > pect> fem> gul> abd.
La">http://darnis.inbio.ac.cr/FMPro?-db=imagenes7.fp3&key=33972&-img">La cabeza es grande y de color oscuro, punteada en la región anterior y la maxila superior remata en un fuerte gancho. La cabeza posee una pequeña marginación en la región temporal; el hueso escamoso está en contacto con el post-orbital pero no con el parietal. La maxila no se une al cuadrado yugal. El cuadrado encierra completamente el estribo. El proótico forma una porción del piso del canal carótido interno. No presenta palato secundario y tiene un gran desarrollo medio en la superficie ventral del vómer. Presenta de 1 a 3 pares de barbicelas submandibulares (entre 2 y 6 barbicelas). El primer par es notablemente más largo que los demás. Estas barbicelas constituyen órganos táctiles, al igual que las protuberancias epidérmicas.
Los ojos se localizan en la región anterior de la cabeza y en posición dorsolateral. Sobre el cuello y las extremidades existen numerosos tubérculos que semejan verrugas. La cola es larga y gruesa, con tres hileras de gruesos tubérculos en posición dorsal; es más larga y alta la hilera media. La parte ventral de la cola está cubierta por escamas pequeñas y lisas.
Las extremidades poseen una serie de escamas delgadas, alargadas y con crestas, las cuales varían individualmente. Las extremidades posteriores son más largas que las anteriores. Las posteriores están provistas de membranas interdigitales muy desarrolladas y uñas gruesas y largas. Las anteriores tienen cinco dedos y las posteriores solamente cuatro.
Los machos son más grandes que las hembras. Su plastrón está curvado lo cual facilita la cópula. El pico del maxilar está más desarrollado en los machos y éstos poseen una cola más larga.
El cariotipo de la tortuga lagarto 2n es de 52: ( 24 macrocromosomas y 28 microcromosomas).
