Deinococcus-thermus

Ang Deinococcus-Thermus ay isang uri ng phylum sa bakterya kahariang Protista. Ito ay Gram-negative bacteria.^[1]

Pilohenyo

Nakabase ang kasalukuyang taksonomiya sa List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) ^[2] at National Center for Biotechnology Information (NCBI)^[3] at ang pilohenyo ay nakabase sa rRNA LTP na naglabas ng 106 ng The All-Species Living Tree Project^[4].

Thermaceae

Vulcanithermus mediatlanticus Miroshnichenko et al. 2003

Oceanithermus

O. desulfurans Mori et al. 2004

O. profundus Miroshnichenko et al. 2003

Marinithermus hydrothermalis Sako et al. 2003

Meiothermus

?M. granaticius Albuquerque et al. 2010

?M. rosaceus ♠ Chen et al. 2002

M. silvanus (Tenreiro et al. 1995) Nobre et al. 1996

M. chliarophilus (Tenreiro et al. 1995) Nobre et al. 1996

M. timidus Pires et al. 2005

M. rufus Albuquerque et al. 2010

M. cerbereus Chung et al. 1997

M. ruber (Loginova et al. 1984) Nobre et al. 1996

M. cateniformans Zhang et al. 2010

M. taiwanensis Chen et al. 2002

Thermus

?T. caldophilus ♠ Taguchi et al. 1983

?T. eggertssonii ♠ Peters 2008

?T. filiformis Hudson et al. 1987

?T. kawarayensis ♠ Kurosawa et al. 2005

?T. murrieta ♠ Benner et al. 2006

?T. nonproteolyticus ♠

?T. rehai ♠ Lin et al. 2002

?T. yunnanensis ♠ Gong et al. 2005

T. oshimai Williams et al. 1996

T. thermophilus (ex Oshima and Imahori 1974) Manaia et al. 1995

T. aquaticus Brock and Freeze 1969

T. arciformis Zhang et al. 2010

T. islandicus Bjornsdottir et al. 2009

T. brockianus Williams et al. 1995

T. igniterrae Chung et al. 2000

T. antranikianii Chung et al. 2000

T. scotoductus Kristjansson et al. 1994

Deinococcales

Truepera radiovictrix Albuquerque et al. 2005

Deinococcaceae

Deinococcus pimensis Rainey and da Costa 2005

Deinococcus peraridilitoris Rainey et al. 2007

Deinococcus papagonensis Rainey and da Costa 2005

Deinococcus yavapaiensis Rainey and da Costa 2005

Deinobacterium chartae Ekman et al. 2011

Deinococcus

?D. aquivivus ♠ Kaempferet al. 2008

?D. depolymerans Asker et al. 2011

?D. xibeiensis Wang et al. 2010

D. misasensis Asker et al. 2008

D. cellulosilyticus Weon et al. 2007

D. roseus Asker et al. 2008

D. maricopensis Rainey and da Costa 2005

D. alpinitundrae Callegan et al. 2008

D. gobiensis Yuan et al. 2009

D. radiophilus (ex Lewis 1973) Brooks and Murray 1981

D. piscis Shashidhar and Bandekar 2009

D. proteolyticus Brooks and Murray 1981

D. sonorensis Rainey and da Costa 2005

D. radiomollis Callegan et al. 2008

D. altitudinis Callegan et al. 2008

D. aquiradiocola Asker et al. 2009

D. claudionis Callegan et al. 2008

D. indicus Suresh et al. 2004

D. radiodurans (ex Raj et al. 1960) Brooks and Murray 1981

D. wulumuqiensis Wang et al. 2010

D. aquaticus Im et al. 2008

D. caeni Im et al. 2008

D. grandis (Oyaizu et al. 1987) Rainey et al. 1997

{{Expansion depth limit exceeded|1= D. deserti de Groot et al. 2005

1= D. navajonensis Rainey and da Costa 2005 2= D. hohokamensis Rainey and da Costa 2005

 }} }} 

D. xinjiangensis Peng et al. 2009

D. hopiensis Rainey and da Costa 2005

D. murrayi Ferreira et al. 1997

{{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded| {{Expansion depth limit exceeded}} valign=top {{Expansion depth limit exceeded}}
{{Expansion depth limit exceeded}}- {{Expansion depth limit exceeded}} valign=bottom align=center {{Expansion depth limit exceeded}} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}} {{Expansion depth limit exceeded}}{{Expansion depth limit exceeded}} rowspan=2 {{Expansion depth limit exceeded}} {{{Expansion depth limit exceeded}}} {{Expansion depth limit exceeded}}- }} {{Expansion depth limit exceeded|{{{Expansion depth limit exceeded}}}|
}}

{{{Expansion depth limit exceeded}}}

Note:
♠ Makikita ang mga istrano sa National Center for Biotechnology Information (NCBI) subalit hindi nakatala sa List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LSPN)

Magkakasunod na genomes

Sa kasalukuyan, mayroong sampung magkakasunod na istranong genomes sa phylum.^[5]

• Deinococcus radiodurans R1
• Thermus thermophilus HB27
• Thermus thermophilus HB8
• Deinococcus geothermalis DSM 11300
• Deinococcus deserti VCD115
• Meiothermus ruber DSM 1279
• Meiothermus silvanus DSM 9946
• Truepera radiovictrix DSM 17093
• Oceanithermus profundus DSM 14977

Talababa

Ang lathalaing ito na tungkol sa Bakterya ay isang usbong. Makatutulong ka sa Wikipedia sa nito.

Deinococcus–Thermus е колено во кое спаѓаат бројни видови на екстремофилни бактерии.^[1]

Овие бактерии имаат дебел клеточен ѕид кој им дава Грам-позитивно обојување, но тие имаат и втора мембрана па затоа се поблиски по структура со Грам-негативните бактерии.^[2][3][4] Томас Кавалир-Смит го нарекува ова колено Hadobacteria^[5] (според грчкото име на подземјето - Хад).

Таксономија

Коленото Deinococcus-Thermus се состои од една класа (Deinococci) и два реда:

• Deinococcales вклучуваат две фамилии (Deinococcaceae и Trueperaceae), и три рода, Deinococcus, Deinobacterium и Truepera.^[6][7][8] Truepera radiovictrix е најрано дивергираниот член на редот. Родот Deinococcus формира посебен монофилектички кластер во однос на Deinobacterium и Truepera.^[9] Родот вклучува неколку видови кои се отпорни на радијација; тие се познати по нивната способност да "јадат" нуклеарен отпад и други токсични материјали, и да преживуваат во вакуум простор и екстреми на топлина и студ.^[10]
• Thermales вклучуваат неколку родови отпорни на топлина (Marinithermus, Meiothermus, Oceanithermus, Thermus, Vulcanithermus, Rhabdothermus) групирани во една фамилија, Thermaceae.^[11] Филогенетските анализи покажуваат дека во рамките наThermales, Meiothermus и Thermus видовите формираат монофилектички кластер, во однос на Marinithermus, Oceanithermus, Vulcanithermus и Rhabdothermus. Ова сугерира дека Meiothermus и Thermus видовите се повеќе сродни еден со друг во однос на другите родови во редот. Видот Thermus aquaticus бил значаен за развојот на полимераза верижната реакција (PCR).^[12]

Иако овие две групи потекнуваат од заеднички предок, механизмите на резистенција се претпоставува дека еволуирале независно.^[13]

Молекуларни обележја

Најдени се молекуларни обележја во форма на CSIs (анг. conserved signature indels) и протеини (CSPs) кои уникатно се споделуваат само меѓу членовите на коленото Deinococcus-Thermus. Овие CSIs и CSPs се карактеристични обележја кои го оделуваат ова колено од сите други бактериски групи и се во согласност со разликите во физиологијата. Најдени се и CSIs и CSPs, кои ја подржуваат таксономската поделба во склоп на самото колено. Некои од CSIs кои ја подржуваат дистинкцијата на ниво на редовите се одговорни за екстремофилните карактеристики. CSIs најдени во бета подединицата на ДНК-зависната РНК полимераза и ДНК топоизомеразата во Thermales видовите може да е инволвирана во термофилноста на овие бактерии,^[14] додека оние најдени во ексцинуклеаза ABC, ДНК гираза, и RadA протеинот за поправка на ДНК во Deinococcales видовите може да се инволвирани во радиорезистенцијата.^[15] Два CSPs кои уникатно се присутни во родот Deinococcus се смета дека играат улога во формирањето на карактеристичниот радиорезистентен фенотип. Овие CSPs го вклучуваат протеинот DNA damage repair protein PprA.

Филогенија

Филогенијата е базирана на 16S рРНК-базираното LTP ослободување 123 од Проектот "Животно дрво на сите видови" (анг. The All-Species Living Tree Project). ^[16]

Thermaceae

Rhabdothermus arcticus Steinsbu et al. 2011

Vulcanithermus mediatlanticus Miroshnichenko et al. 2003

Oceanithermus

O. desulfurans Mori et al. 2004

O. profundus Miroshnichenko et al. 2003 (type sp.)

Marinithermus hydrothermalis Sako et al. 2003

Meiothermus

Thermus

Deinococcales

Truepera radiovictrix Albuquerque et al. 2005

Deinococcaceae

Deinobacterium chartae Ekman et al. 2011

Deinococcus

Моментално прифатената таксономија е заснована на Листата на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN)^[17] и Националниот центар за биотехнолошки информации (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI).^[18]

• Колено Deinococcus-Thermus [Deinococcaeota Oren et al. 2015]
  • Класа Deinococci Garrity & Holt 2002 ["Hadobacteria" Cavalier-Smith 1992 emend. Cavalier-Smith 1998; Hadobacteria Cavalier-Smith 2002; "Xenobacteria"]
    • Ред Deinococcales Rainey et al. 1997
      • Фамилија Deinococcaceae Brooks and Murray 1981 emend. Rainey et al. 1997
        • Род Deinococcus Brooks and Murray 1981 emend. Rainey et al. 1997
        • Род Deinobacterium Ekman et al. 2011
      • Фамилија Trueperaceae Rainey et al. 2005
        • Род Truepera da Costa, Rainey and Albuquerque 2005
    • Ред Thermales Rainey and Da Costa 2002
      • Фамилија Thermaceae Da Costa and Rainey 2002
        • Род Thermus Brook and Freeze 1969 emend. Nobre et al. 1996
        • Род Meiothermus Nobre et al. 1996 emend. Albuquerque et al. 2009
        • Род Marinithermus Sako et al. 2003
        • Род Oceanithermus Miroshnichenko et al. 2003 emend. Mori et al. 2004
        • Род Rhabdothermus Steinsbu et al. 2011
        • Род Vulcanithermus Miroshnichenko et al. 2003

Секвенционирани геноми

Во моментов има вкупно 10 секвенционирани геноми на видови во ова колено.^[19]

• Deinococcus radiodurans R1
• Thermus thermophilus HB27
• Thermus thermophilus HB8
• Deinococcus geothermalis DSM 11300
• Deinococcus deserti VCD115
• Meiothermus ruber DSM 1279
• Meiothermus silvanus DSM 9946
• Truepera radiovictrix DSM 17093
• Oceanithermus profundus DSM 14977

Двете Meiothermus видови беа секвенционирани под покровителство на проектот Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea (GEBA), кој има за цел секвенционирање на организми за добивање на филогенетски податоци, и не е ограничен на патогените видови.^[20] Моментално, геномот на Thermus aquaticus Y51MC23 е во завршна фаза на комплетирање од страна на DOE Joint Genome Institute. ^[21]

Наводи

Arbre filogenetic de basa de las adobacterias

Aqueste arbre simplificat permet de navegar dirèctament cap als sosclads mai importants. La classificacion filogenetica detalhada del sosclad considerat es estocada dins los articles indicats.

─o HADOBACTERIA ├─o DEINOCOCCALES └─o THERMALES 

Posicion dins l’arbre filogenetic

─o BACTERIA ├─o Chlorobacteria │ ├─o Dehalococcoidetes │ ├─o Thermomicrobia │ └─o │ ├─o Anaerolinaeles │ └─o Chloroflexi └─o ├─o HADOBACTERIA └─o ├─o Cyanobacteria │ ├─o Gloeobacteriales │ └─o Phycobacteria └─o ├─o Gracilicutes │ ├─o Spirochaetes │ └─o │ ├─o Sphingobacteria │ └─o Exoflagellata └─o Eurybacteria ├─o Togobacteria (o Thermotogales) ├─o Selenobacteria ├─o Fusobacteriales └─o Posibacteria 

डायनोकोक्कस-थर्मस (Deinococcus–Thermus) बैक्टीरिया का एक जीववैज्ञानिक संघ है जो चरमपसंदी हैं, अर्थात प्रतिकूल पर्यावरणीय परिस्थितियों को सहने की बड़ी क्षमता रखते हैं। इनकी कोशिका भित्ती चौड़ी होती है जिस से यह ग्राम-धनात्मक बैक्टीरिया की तरह दिखते हैं लेकिन इनमें एक दूसरी कोशिका झिल्ली भी होती है जिस से इनका ढांचा वास्तव में ग्राम-ऋणात्मक बैक्टीरिया से अधिक समीप होता है।^[1][2][3]

इन्हें भी देखें

• चरमपसंदी
• टेराबैक्टीरिया

सन्दर्भ

O grupo Deinococcus-Thermus é un pequeno grupo de bacterias considerado un filo, que son moi resistentes ás condicións ambientais desfavorables.^[1]

Comprende dous grandes grupos:

• As Deinococcales, que inclúe dúas familias e dous xéneros principais: Deinococcus e Truepera. O primeiro ten varias especies resistentes á radiación, que poden captar os residuos nucleares e outros materiais tóxicos sen sufriren dano, e sobreviven tamén no baleiro do espazo exterior ou en condicións extremas de calor ou frío.
• As Thermales inclúen varios xéneros resistentes á calor (Marinithermus, Meiothermus, Oceanithermus, Thermus, Vulcanithermus).^[2] A especie Thermus aquaticus, que vive en fontes hidrotermais, foi importante no desenvolvemento da técnica da Reacción en Cadea da Polimerase (PCR), xa que posúe un encima ADN polimerase termoestable (a Taq polimerase), que resiste as temperaturas necesarias para aplicar a técnica da PCR.

Aínda que estes grupos evolucionaron a partir dun devanceiro común, os dous mecanismos de resistencia que presentan desenvolvéronos de xeito independente.^[3]

Estas bacterias teñen paredes celulares grosas que fan que teñan un patrón de tinguidura grampositivo, pero teñen unha segunda membrana, polo que en estrutura están próximos ás bacterias gramnegativas.

Cavalier-Smith deulle a este clado o nome de Hadobacteria^[4] (de Hades, o inframundo dos antigos gregos).

Filoxenia

O cladograma mostra a toxonomía actualmente aceptada do grupo baseada na LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature) ^[5] e do NCBI (National Center for Biotechnology Information) ^[6] e a filoxenia está baseada en datos do ARNr 16S do LTP 106 do proxecto The All-Species Living Tree.^[7]

Thermaceae  

?Rhabdothermus arcticus Steinsbu et al. 2011

   

Vulcanithermus mediatlanticus Miroshnichenko et al. 2003

    Oceanithermus  

O. desulfurans Mori et al. 2004

   

O. profundus Miroshnichenko et al. 2003

       

Marinithermus hydrothermalis Sako et al. 2003

    Meiothermus  

?M. granaticius Albuquerque et al. 2010

   

?M. rosaceus ♠ Chen et al. 2002

   

M. silvanus (Tenreiro et al. 1995) Nobre et al. 1996

       

M. chliarophilus (Tenreiro et al. 1995) Nobre et al. 1996

   

M. timidus Pires et al. 2005

       

M. rufus Albuquerque et al. 2010

     

M. cerbereus Chung et al. 1997

     

M. ruber (Loginova et al. 1984) Nobre et al. 1996

     

M. cateniformans Zhang et al. 2010

   

M. taiwanensis Chen et al. 2002

              Thermus  

?T. caldophilus ♠ Taguchi et al. 1983

   

?T. eggertssonii ♠ Peters 2008

   

?T. filiformis Hudson et al. 1987

   

?T. kawarayensis ♠ Kurosawa et al. 2005

   

?T. murrieta ♠ Benner et al. 2006

   

?T. nonproteolyticus ♠

   

?T. rehai ♠ Lin et al. 2002

   

?T. yunnanensis ♠ Gong et al. 2005

   

T. oshimai Williams et al. 1996

     

T. thermophilus (ex Oshima and Imahori 1974) Manaia et al. 1995

     

T. aquaticus Brock and Freeze 1969

       

T. arciformis Zhang et al. 2010

   

T. islandicus Bjornsdottir et al. 2009

         

T. brockianus Williams et al. 1995

   

T. igniterrae Chung et al. 2000

       

T. antranikianii Chung et al. 2000

   

T. scotoductus Kristjansson et al. 1994

                      Deinococcales  

Truepera radiovictrix Albuquerque et al. 2005

  Deinococcaceae    

Deinococcus pimensis Rainey and da Costa 2005

     

Deinococcus peraridilitoris Rainey et al. 2007

     

Deinococcus papagonensis Rainey and da Costa 2005

   

Deinococcus yavapaiensis Rainey and da Costa 2005

           

Deinobacterium chartae Ekman et al. 2011

  Deinococcus  

?D. aquivivus ♠ Kaempferet al. 2008

   

?D. daejeonensis Srinivasan et al. 2012

   

?D. depolymerans Asker et al. 2011

   

?D. reticulitermitis Chen et al. 2012

   

?D. soli ♠ Zhang et al. 2011

   

?D. xibeiensis Wang et al. 2010

     

D. misasensis Asker et al. 2008

     

D. cellulosilyticus Weon et al. 2007

   

D. roseus Asker et al. 2008

         

D. maricopensis Rainey e da Costa 2005

     

D. alpinitundrae Callegan et al. 2008

       

D. gobiensis Yuan et al. 2009

     

D. radiophilus (ex Lewis 1973) Brooks e Murray 1981

     

D. piscis Shashidhar e Bandekar 2009

   

D. proteolyticus Brooks e Murray 1981

             

D. sonorensis Rainey e da Costa 2005

     

D. radiomollis Callegan et al. 2008

     

D. altitudinis Callegan et al. 2008

     

D. aquiradiocola Asker et al. 2009

   

D. claudionis Callegan et al. 2008

                 

D. indicus Suresh et al. 2004

     

D. radiodurans (ex Raj et al. 1960) Brooks and Murray 1981

   

D. wulumuqiensis Wang et al. 2010

           

D. aquaticus Im et al. 2008

   

D. caeni Im et al. 2008

       

D. grandis (Oyaizu et al. 1987) Rainey et al. 1997

       

D. deserti de Groot et al. 2005

     

D. navajonensis Rainey e da Costa 2005

   

D. hohokamensis Rainey e da Costa 2005

         

D. ficus Lai et al. 2006 emend. Kämpfer 2009

     

D. aquatilis Kämpfer et al. 2008

   

D. yunweiensis Zhang et al. 2007

                 

D. xinjiangensis Peng et al. 2009

     

D. hopiensis Rainey e da Costa 2005

       

D. murrayi Ferreira et al. 1997

     

D. geothermalis Ferreira et al. 1997

     

D. apachensis Rainey e da Costa 2005

     

D. aerius Yang et al. 2009

   

D. aetherius Yang et al. 2010

             

D. aerophilus Yoo et al. 2010

     

D. aerolatus Yoo et al. 2010

     

D. radiopugnans Brooks and Murray 1981

     

D. marmoris Hirsch et al. 2006

     

D. saxicola Hirsch et al. 2006

   

D. frigens Hirsch et al. 2006

                                   

Nota:
♠ Cepas atopadas no NCBI pero non na LPSN.

Xenomas secuenciados

Actualmente hai dez xenomas secuenciados de estirpes (strains) deste filo.^[8]

• Deinococcus radiodurans R1
• Thermus thermophilus HB27
• Thermus thermophilus HB8
• Deinococcus geothermalis DSM 11300
• Deinococcus deserti VCD115
• Meiothermus ruber DSM 1279
• Meiothermus silvanus DSM 9946
• Truepera radiovictrix DSM 17093
• Oceanithermus profundus DSM 14977

As dúas Meiothermus sp. foron secuenciadas baixo os auspicios do proxecto Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea (GEBA), que ten como obxectivo secuenciar organismos baseándose na súa importancia ou novidade filoxenética e non na súa patoxenicidade ou notoriedade.^[9] Actualmente, o xenoma de Thermus aquaticus Y51MC23 está nas fases finais de completar a súa secuenciación no DOE Joint Genome Institute.^[10]

Notas

Deinococcus-Thermus – bakterijų (Bacteria) karalystės bakterijų tipas.

Šios bakterijos turi storas ląstelės sieneles. Dažant Gramo būdu jos yra gram-teigiamos. Taip pat jos turi antrą ląstelės membraną, kas yra tipiška gram-negatyvioms bakterijoms.

Deinococcus-Thermus tipui iki šiol priskirta palyginti nedaug bakterijų rūšių, pasižyminčių atsparumu ekstremalioms aplinkos sąlygoms. Pvz., Deinococcus radiodurans ir Deinococcus radiophilus žinomos dėl savo atsparumo jonizuojančiai spinduliuotei, Thermus aquaticus gyvena geizeriuose ir karštuosiuose šaltiniuose.

Klasifikacija

Šiame tipe yra tik viena klasė, kuriai priskiriamos tokios šeimos ir gentys:^[1]

• Klasė. Deinococci
  • Eilė. Deinococcales
    • Šeima. Deinococcaceae
      • Gentis. Deinococcus
        • Rūšis. Deinococcus radiodurans
        • Rūšis. Deinococcus radiophilus
    • Šeima. Trueperaceae
      • Gentis. Truepera
        • Rūšis. Truepera radiovictrix
  • Eilė. Thermales
    • Šeima. Thermaceae
      • Gentis. Marinithermus
      • Gentis. Meiothermus
      • Gentis. Oceanithermus
      • Gentis. Thermus
        • Rūšis. Thermus aquaticus
      • Gentis. Vulcanithermus

Šaltiniai

1. ↑ Sistematika pagal National Center for Biotechnology Information (NCBI) (Žiūrėta: 2007 liepos mėn.)

Literatūra

• Michael T. Madigan, John M. Martinko, Jack Parker: Brock - Mikrobiologie. 11. Auflage. Pearson Studium, München 2006, ISBN 3-8274-0566-1

Vikiteka